Bên cạnh một số đánh giá tốt về các TCT, KTNN cũng phát hiện những sai phạm tại các TCT này. Tại TCT Địa ốc Sài Gòn, KTNN chỉ ra sai phạm và kiến nghị xử lý trách nhiệm đối với cá nhân trực tiếp liên quan đến việc không đưa vào theo dõi trên sổ kế toán, biên bản kiểm kê khi định giá tài sản để cổ phần hóa đối với 26 căn hộ chung cư tại Công ty phát triển nhà Tân Bình (nay là Công ty cổ phần địa ốc Tân Bình).

Công ty xây dựng thương mại Sài Gòn 5 thuộc TCT Địa ốc Sài Gòn trước khi liên kết với đơn vị khác chưa xác định rõ giá trị quyền sử dụng đất trên khu đất hiện là Trung tâm dịch vụ thương mại Hùng Vương Plaza... Ở TCT Khánh Việt, một số trường hợp đầu tư TCT chưa chấp hành nghiêm thủ tục, trình tự đầu tư và Luật Đấu thầu trong việc mua máy móc thiết bị; có hoạt động khuyến mãi trong kinh doanh thuốc lá trái với quy định cấm quảng cáo sản phẩm thuốc lá; sản xuất thuốc lá năm 2007 vượt 276 triệu bao so với mức được Bộ Công nghiệp cho phép...

KTNN đề nghị UBND tỉnh Khánh Hòa chỉ đạo TCT Khánh Việt kiểm điểm trách nhiệm đối với tập thể và cá nhân có liên quan trong việc không chấp hành đúng trình tự đầu tư khi mua thiết bị đồng bộ sản xuất bia tươi, dẫn đến tài sản từ năm 2004 đến nay chưa đưa vào sử dụng, gây ứ đọng vốn. KTNN cũng đề nghị TCT Hàng hải Việt Nam xem xét trách nhiệm của Giám đốc Cảng Hải Phòng trong việc mua, sử dụng xe ô tô con phục vụ chuyên gia, lãnh đạo vượt định mức, tiêu chuẩn.